Aula Evolução Molecular

Aula prática

1) Identificar TEs em um fragmento cromossômico.

a) Ir à página https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ e selecionar “genome” em “search”; digitar Xenopus tropicalis.

b) Clicar no Cromossomo 10 (Genome Data Viewer); selecionar “Tools” e depois “Go to”; digitar “1-90000”. Clicar com o botão direito em cima do cromossomo; Download;  FASTA (“visible range”).

c) Utilizar o Censor do Repbase Giri (https://www.girinst.org/censor/index.php) para busca de elementos repetitivos no arquivo fasta de região parcial do cromossomo 10 de Xenopus tropicalis, verificar a tabela gerada.

d) Utilizar o RepeatMasker (http://www.repeatmasker.org/cgi-bin/WEBRepeatMasker) para busca de elementos repetitivos busca de elementos repetitivos no arquivo fasta de região parcial do cromossomo 10 de Xenopus tropicalis, com opções rmblast; defaut; DNA source Xenopus. Observe os arquivos gerados, .out, .masked e a tabela summary.

e) Utilizar o Blastn do ncbi (https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi) para busca de elementos repetitivos busca de elementos repetitivos no arquivo fasta de região parcial do cromossomo 10 de Xenopus tropicalis; verificar os resultados obtidos.

f) Elabore uma tabela com o nome dos elementos repetitivos obtidos de acordo com os resultados obtidos contendo de cada programa: 1) Software; 2) Nome dos elementos; 3) Suas posições no query (início e fim); 4) Classe dos elementos; 5) Família dos elementos; 6) Valores de identidade, 7) % de divergência; 8) % de inserções; 9) % de deleções.  Se houver inexistência de alguma dessas informações fazer indicação com um traço.

g) Elabore um gráfico no excel com a porcentagem de cada elemento detectado nessa porção cromossômica de 90000 pb. (Utilizar dados do RepeatMasker).

Questão 1: Quais as principais diferenças das três buscas executadas (blast, RepeatMasker e Censor)?

Questão 2: Qual o elemento  com maior proporção nessa porção genômica? Procure na literatura e cite caso haja informações de co-opção molecular deste TE.

Questão 3: Há algum gene (não repetitivo) próximo ou que faz parte de um TE? Caso sim cite e indique a posição.