Estrutura e propriedades de proteínas

Estudo dirigido:

Estrutura e propriedades de proteínas:

1. Escolha 4 aminoácidos, nesta ordem: um carregado positivamente, um polar, mas não carregado, um não polar e um carregado negativamente, e represente esquematicamente um peptídeo formado entre eles segundo sua estrutura primária. (Não é necessário considerar aspectos conformacionais da cadeia segundo a possibilidade de rotação entre os átomos)
2. A ligação peptídica é geometricamente plana. Porque? Que ligações permitem a flexibilidade das estruturas primárias de proteínas considerando este fato?
3. Quais as principais formas de estrutura secundária e o que as estabiliza?
4. Porque ureia é um agente desnaturante de proteínas?
5. Desenhe esquematicamente ou descreva uma α-hélice considerando os seguintes aspectos: dinâmica das pontes de hidrogênio formadas e posição relativa das cadeias laterais dos aminoácidos
6. Porque o aminoácido fenilalanina é mais frequente em folhas beta do que em alfa-hélices?
7. Porque o aminoácido asparagina é mais frequente em folhas beta do que em alfa-hélices?
8. Porque o aminoácido prolina é relativamente raro em folhas beta e em alfa-hélices?
9. O que faz glicina ser tão frequente em voltas beta?
10. Para a obtenção de uma alfa-hélice mais estável, cite um aminoácido teoricamente ideal para a região N terminal e um aminoácido teoricamente ideal para a região C terminal. Porque você fez estas escolhas?
11. Discuta a relevância das voltas (sítios não organizados em hélices ou folhas) no contexto da atividade das proteínas.
12. Comente como aminoácidos polares e não polares se distribuem espacialmente em uma proteína globular solúvel em citoplasma.
13. Comente como aminoácidos polares e não polares se distribuem em uma proteína formadora de canal em membrana citoplasmática lipídica.
14. Que tipo de aminoácidos são encontrados em proteínas fibrosas? Como estão organizados?
15. Cite 2 exemplos de proteínas fibrosas poliméricas.
16. O que é um domíneo de proteína? É possível uma proteína monomérica ter mais de um domíneo?
17. Discuta de que forma o conhecimento de domíneos de proteínas pode ser útil para a previsão da função de uma proteína desconhecida.
18. Discuta de que forma o conhecimento de domíneos de proteínas pode ser útil para estudos evolutivos
19. O que caracteriza a estrutura quaternária das proteínas?
20. In vivo: toda proteína tem estrutura terciária? toda proteína tem estrutura quaternária?
21. O que é a desnaturação de uma proteína? Que agentes podem agir como desnaturantes? Toda desnaturação é reversível?
22. Explique, com suas palavras, o que ocorre em cada etapa do esquema a seguir (todas as informações estão disponíveis, basta interpretá-las à luz do conhecimento adquirido)

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1. O que é o ponto isoelétrico de uma proteína? Porque ele é adequado como uma estratégia de caracterização de protéinas?

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