A VISUALIZAÇÃO EM 3D DA FOSFOLIPASE A2 DE VENENO DE SERPENTE LIGADA A ASPIRINA

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RELATÓRIO: VISUALIZAÇÃO EM 3D DA FOSFOLIPASE A2 DE VENENO DE SERPENTE LIGADA A ASPIRINA

Questão 1 – O que representa o parâmetro B-factor? Como podem ser identificados os resíduos com maior e menor e B-factor pelo código de cores? Cite dois resíduos com B-factor maior e dois com B-factor menor.

Resposta: Representa o parâmetro de deslocamento do átomo, calculado através

B = 8π2 U2 (U = deslocamento médio (Å)). Azul= 0 Å2, Verde = 50 Å2, e Vermelho ≥ 100 Å2. Para B-factor menor temos CA201, ALA87 (Alanina 87) e ALA87 (Alanina 8) e para B-factor maior temos ASP82 (Aspartato 82) e SER18 (Serina 18).

Questão 2 – Fale sobre o gráfico de Ramachandran e seu significado. O que significam os pontos vermelhos e amarelos no gráfico?

Resposta: É um gráfico no qual cada ponto fornece os ângulos φ e φ de um resíduo selecionado da camada atualmente ativa. As parcelas de Ramachandran são usadas para avaliar a qualidade de um modelo, encontrando resíduos cuja os ângulos conformacionais estão fora das regiões permitidas. A espinha dorsal desses resíduos cujos ângulos φ, φ não traçam na área permitida da Ramachandran Plot é colorido em amarelo. A espinha dorsal dos resíduos de prolina cujo ângulo φ desvia mais de 25 ° do valor ideal -65° é colorido em vermelho.

Questão 3 – Quantas ligações de hidrogênio são formadas entre a aspirina e a fosfolipase?

Resposta: São formadas 3 ligações de hidrogênio

Questão 4 – Quantas α-hélices existem no modelo? Quantas fitas β?

Resposta: 4 α-hélices e 3 fitas β

Questão 5 – Salve a imagem: File -> Save -> Image... -> Nome: fla2-aspirina.png

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Questão 6 – Salve a imagem: File -> Save -> Image... -> Nome: fla2-aspirina_surf.png

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