Os Exercicios Hemoglobina

2. Em condições apropriadas, a hemoglobina se dissocia em suas quatro subunidades. A

subunidade a isolada é capaz de ligar O2, no entanto a curva de saturação com O2 é

hiperbólica ao invés de sigmoide. Além disso, a ligação de O2 à subunidade a isolada não é

afetada pelo pH, [CO2], ou [BPG]. O que essas observações nos indicam sobre a origem da

cooperatividade da hemoglobina?

3. Depois de passar um ou dois dias em altas altitudes (em condições de baixa pressão parcial

de O2), a concentração de 2,3-bifosfoglicerato (BPG) nos eritrócitos aumenta. Qual é o efeito

da concentração de BPG sobre a curva de ligação de O2 à hemoglobina? Explique porque esta

adaptação seria benéfica em altas altitudes?

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4. Familiarização com programas de visualização molecular. Instale eu seu computador

um programa de visualização (p. ex. Chimera, Pymol, Coot, etc). Explore o site do Protein

Data Bank (www.rcsb.org). Baixe o arquivo do domínio N0 de VirB7, cujo código é 3OV5, e

também baixe o arquivo do mapa de densidade eletrônica obtido por cristalografia (2F0-Fc).

a) Analise a estrutura para identificar os resíduos 51 e 71

b) Analise a estrutura par identificar as ligações de hidrogênio em uma alfa-hélice

c) Compare com a estrutura de RMN (2L4W)

5. A figura abaixo foi retirada do livro Structure and Mechanism in Protein Science de Alan

Fersht (W.H. Freeman and Company). O gráfico mostra o comportamento da estabilidade

(ΔΔG) da proteína barnase em função da alteração na área acessível ao solvente após a

substituição de uma Alanina para uma Glicina: SASA WT – SASA mutante. Alaninas em

regiões diferentes da proteína foram alteradas. Explique este comportamento.

Obs.: O ponto mais à esquerda refere-se à Alanina mais enterrada, e o ponto mais à direita

refere-se à Alanina mais exposta ao solvente.

6. Qual dos três peptídeos abaixo possui maior probabilidade de adotar uma estrutura de alfahélice em água? Por quê?

a) LKAENDEAARAMSEA

b) CRAGGFPWDQPGTSN

7) Considere o tripeptídeo Ala-Ala-Ala, e responda às questões abaixo.

a) Desenhe a estrutura deste peptídeo, e indique quais são os ângulo dihedrais que

determinam a conformação do esqueleto peptídico.

b) Indique na estrutura quais são os átomos que fazem parte do plano da ligação peptídica?