Casamento De Padrões Em Sequência De DNA

Casamento de padrões em sequência de DNA

Requisitos

Você deve escrever um programa que faz a busca de sequências de DNA em um

banco de dados de DNA (na forma de um longo texto). Tanto o padrão a ser buscado

quanto o texto conterão somente quatro caracteres: A, C, G e T. A saída do programa

deverá conter as posições em que o padrão buscado foi encontrado. Se o padrão buscado

ocorrer mais de uma vez no texto, cada resultado deve ser reportado separadamente.

Tanto o padrão a ser buscado quanto o nome do arquivo que contém o texto deverão

ser informados via linha de comando, conforme explicado na seções seguintes. O texto

também conterá espaços e números que identificam trechos, e esses deverão ser

ignorados no processamento.

Cada grupo poderá escolher um algoritmo mais apropriado para a implementação do

seu programa, devendo justificar sua escolha. Os algoritmos permitidos são o Rabin-Karp,

Knuth-Morris-Pratt e Boyer-Moore-Horspool.

Sintaxe do comando para execução

Os testes para avaliação dos trabalhos serão feitos de forma automatica. Desta

forma, é imprescindível que as entradas e saídas de dados sejam feitas exatamente da

forma especificada, incluindo espaços, quebras de linha e caracteres especificados.

O comando executável do trabalho deverá se chamar busca_dna. O comando deverá

receber como parâmetros o padrão a ser procurado e um arquivo texto que contém o texto

com a sequência que sera usada para a busca, separados por espaço, como na seguinte

sintaxe:

busca_dna <padrão> <texto>

A saída deverá conter todas as posições em que o padrão foi encontrado no texto,

identificado como um número inteiro. Somente deverá ser impresso o número, e cada um

deverá estar em uma linha separada. Pode-se considerer o número como a posição na

string, que na linguagem C começa com 0.

Exemplos de entradas:

busca_dna tcga Borrelia_burgdorferi_N40.txt

busca_dna attatcgacttcttt Borrelia_burgdorferi_N40.txt

busca_dna tttactataaattatcgact Borrelia_burgdorferi_N40.txt

Exemplo de saída:

8

15

1789

2087

Caso o grupo utilize a implementação do algoritmo baseado em algum livro ou outro

material, isso deverá ser claramente explicitado na documentação, para que o trabalho não

seja classificado como cópia.

Critérios de correção

A nota do trabalho terá os seguintes critérios de avaliação:

1. NC é a nota do critério Corretude;

2. DO é a nota do critério Documentação;

3. NI é a nota do critério Interface;