A Bioinformatica Vetores

1 - Baixe as sequências que deseja remover o vetor em uma pasta que você saiba depois onde encontrar. (As sequências para serem limpas podem ser encontradas no arquivo: Sequencias com vetor.txt na página de atividades no Moodle).

Identificação das regiões de vetores:

2 - Entre no site:

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/VecScreen/VecScreen.html

ou

http://ddbj.nig.ac.jp/vecscreen/?lang=en

3 - Cole a sequência que deseja limpar em formato FASTA (não esqueça de incluir o sinal ">" seguido da identificação).

4 - Clique em "view report". Enquanto espera os resultados serem processados, responda as questões abaixo.

5 - O que são vetores e/ou contaminantes?

DNAs, cDNAs do organismo ou organela de origem biológica são geralmente inseridos em um vetor de clonagem (por exemplo, plasmídeo) para que possam ser clonados, propagados e manipulados. O sequenciamento de tais materiais frequentemente produzem sequências brutas que incluem segmentos derivados do vetor. A falha em identificar e remover todas as sequências do vetor resulta em uma sequência finalizada que está contaminada.

Além dos vetores, os contaminantes podem se apresentar na forma de adaptadores, ligantes e iniciadores de PCR, que são vários oligonucleotídeos anexados ao DNA/RNA sob investigação como parte do processo de clonagem ou amplificação. A presenças das sequências destes oligonucleótidos podem contaminar a sequência acabada, a menos que sejam identificadas e removidas.

6 - Que problemas os vetores podem causar?

A falha em reconhecer segmentos estranhos em uma sequência pode: levar a conclusões errôneas sobre o significado biológico da sequência; perder tempo e esforço na análise da sequência contaminada; atrasar o lançamento da sequência em um banco de dados público; poluir bancos de dados públicos com sequência contaminada.

7 - Qual a posição do vetor nas suas sequências? Como foi exibido o resultado da análise (no começo, no meio, ou no fim da sequência)?

Sequência 1: 1-630 (começo); 931-1540 (final).

Sequência 2: 1-630 (começo).

Sequência 3: 121-729 (meio); 849-1198 (meio); 1958-2378 (final).

8 - Qual é o nome do vetor utilizado na clonagem de cada sequência do exercício?

O nome do vetor das três sequencias é pBK-CMV.

9 - Faça um BLAST e identifique cada sequência do arquivo que você removeu o vetor. Qual é o nome científico da sequência?

Sequência 1: Rhizobium tubonense.

Sequência 2: Rhizobium tumorigenes.

Sequência 3: Ananas comosus.

10 - Como você removeu os vetores das suas sequências?

A partir do programa BioEdit.

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