Conceitos Iniciais

 Conceitos Iniciais;

 A sistemática biológica (ou taxonomia) Consiste na teoria e na prática de agrupas indivíduos em espécies, organizar tais espécies em conjuntos maiores e dar nomes a esses grupos.

 Classificação; são utilizadas para organizar as informações sobre os vegetais e, assim, construir chaves de classificações para a identificação desses organismos. Existem duas etapas básicas que devem ser consideradas para tal classificação. A primeira consiste em determinar a filogenia, ou história evolutiva, de um grupo de organismo. A segunda etapa deverá basear a classificação do grupo levando em consideração sua história. Existem diversas maneiras de construir uma classificação, por exemplo, as plantas podem ser classificadas de acordo com suas propriedades medicinais ou de acordo com seus habitats preferenciais.

 Cladogramas; A evolução não é apenas uma sucessão de descendentes modificados, mas também envolve a separação de linhagens. Este processo pode ser visualizado em diagramas. A história evolutiva pode ser mais facilmente sumarizada em diagramas ramificados ou cladogramas.

Para evitar a repetição de estados de caracteres ancestrais mantidos em cada grupo, os sistematas geralmente anotam apenas os caracteres que sofreram modificações e posicionam marcas sobre os ramos apropriados para indicar a ordem relativa na qual os estados de caracteres se originam, podem ser organizados hierarquicamente de mais inclusivos para menos inclusivos. O primeiro passo para poder fazer tais inferências consiste na análise de espécies existentes atualmente que apresentam proximidade em relação a caracteres que acreditamos serem herdáveis.

 Caráter herdável é qualquer aspecto da morfologia da planta que pode ser transmitido geneticamente ao longo de um período de tempo evolutivo e que permaneça passível de reconhecimento. Caráter Homólogo quer dizer que todas as espécies herdaram tal caráter a partir de um ancestral comum.

Existem dois fenômenos que tornam a pratica de determinação evolutiva muito mais difícil: paralelismo e reversão (que algumasvezes são referidos em conjuntos como homoplasia).

 Paralelismo – é a ocorrência de estados de caráter similares em organismos não relacionados.

 Reversão – ocorre quando um estado de caráter derivado é revertido para o estado ancestral.

É interessante ainda abordamos o que é grupo polifiléticos, que possuem duas ou mais linhagens ancestrais nas quais estados de caracteres se desenvolvem paralelamente.

A parcimônia funciona quando as taxas evolutivas são lentas e suficientes para que similaridades ao acaso (devido á evolução independente de estados de caráter idênticos em duas ou mais linhagens) não encubram estados de caráter compartilhados a partir de um ancestral comum. As análises de parcimônia minimizam a importância de caracteres que se modificam em paralelismo ou reversão. Se existem muito desses caracteres homoplásicos, a árvore filogenética pode resultar de um artefato dos caracteres que escolhemos, e uma pequena modificação nesses caracteres levará a uma árvore diferente. A medida de homoplasias mais simples e comum em uma árvore filogenética é o índice de consistência (CI), o qual considera a quantidade mínima de modificação evolutiva possível dividida pelo comprimento real da arvore.

Os índices de consistência também podem ser calculados para caracteres individuais. Nesse caso, o CI é igual ao número mínimo de modificações possíveis, dividido pelo numero de modificações presentes na arvore. A comparação dos índices de consistência em grupos de dados é uma tarefa perigosa, pois o CI apresenta algumas propriedades indesejáveis. Em primeiro lugar, um caráter que sofre modificações uma única vez em apenas um taxón apresentará um índice de consistência baixo, apesar de tal caráter não ser informativo em termos das relações existentes. Esse tipo de caráter derivado e único é algumas vezes denominado autapomorfia.

 A probabilidade de modificação evolutiva em caracteres;

Ao tentar interferir a historia evolutiva de um grupo, dependemos de uma descrição, ou seja, de um modelo, explícito do processo evolutivo. Quanto mais acuradamente a descrição refletir o processo evolutivo, maior será nossa capacidade em estimar a história evolutiva. Esse fato é particularmente importante para espécies muito divergentes em filogenias moleculares, para as quais, métodos de parcimônia frequentemente geram resultados conflitantes.

No caso de nucleotídeos em uma sequencia de DNA, assume-se que mutações ocorram aleatoriamente, apesar de esta presunção frequentemente ser modificadas para refletir mecanismos hipotéticos de evolução molecular. O desenvolvimento de um modelo é muito mais difícil no caso de caracteres morfológicos, pois geralmente não temos informações em relação ao numero de genes que estão envolvidos, nem conhecemos que tipos de modificações nesses genes levarão a diferentes estados de caráter.

 Ordenando os estados de caracteres.

Os caracteres apresentam apenas dois estados. Tais caracteres com dois estados binrios, são interpretados como representando uma única mudança genética. Ao longo de um período de tempo evolutivo, naturalmente, tais caracteres podem continuar a sofrer modificações.

Porém, caracteres multiestados geram uma difícil questão: Quantas modificações